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2004/03/31(水) .. 無線LANは使ってないと不安定なのね、、、なるほど。 MacよりWindowsが優れている最大の分野は違法コピー関連である。よって、Microsoftは違法コピーによって莫大な利益を上げていると言えるのではないか。 締め切りの都合上BIP1問めを提出してしまう。

2004/03/30(火) .. UROPの発表会はまあ無かったことにしよう。 ADSL導入終了。くだり3Mbpsのぼり750kbpsしかでないが今までの50倍ぐらいだ。何の文句があるものか。しかし、無線LANのせいで、ベッドから出ずになんでもできるようになってしまった。引きこもり養成にはもってこいかも。 無線LANカードってずいぶん発熱するね、、しかも手を近づけると電波を感じる気がする。 省電力モードとやらにしたら発熱がましになった。pingが遅くなったのは気にしない気にしない。Actに連動してPowerが点滅するのは不思議な光景だが。 と思ったら遠ざかるとやたら通信が不安定になる。うーん。 省電力モードはoffで。しかし、アクセスポイントと1mしかはなれていないくせに時々切れる。なんでやねん。 送信出力を最大から80%にしただけで到達距離が大幅にちぢむ。なんでだろう。。 ベッドでごろごろしているとやたら切れるのなんでだろう。木の壁一枚で道のり6メートルだぞ、、電波品質は「普通」なのにな。。 BIP第1問のレポートを書かなくては。 明日は10時半厳守 BIP終わらないー明日帰ってからやるのか、、、うーん。 しかし考察：基準の妥当性について　結論：妥当ではない　とか自分で書くのは悲しいぞ。

2004/03/29(月) .. http://securityresponse.symantec.com/avcenter/venc/data/w32.netsky.p@mm.html ありえん。なんでこんなに凝っているんだ。 日本語： http://securityresponse.symantec.com/region/jp/sarcj/data/w/w32.netsky.p@mm.html

2004/03/28(日) .. がーんがーんがーん。昨日の作業はサーバーリセット（午前3時？）までに終わらなかったらしい。もう近似アルゴリズムでいいやー。それから偏差値150以上のものを「有意なモチーフ」と呼ぶことにしよう。もう決めた。どうせこんなの任意だ。 第3問提出。 あと第1門とUROPのスライド。 uxサーバーprofile Hardware: Hardware Overview: Machine Model: Xserve CPU Type: PowerPC G4 (3.3) Number Of CPUs: 2 CPU Speed: 1.33 GHz L2 Cache (per CPU): 256 KB L3 Cache (per CPU): 2 MB Memory: 2 GB Bus Speed: 167 MHz Boot ROM Version: 4.65f3 Serial Number: QP40300FNP2

2004/03/27(土) ... 暇つぶしに、クロネコヤマトの伝票番号のチェックサムを解析してみた http://toi.kuronekoyamato.co.jp/cgi-bin/tneko 伝票は0000-0000-0000みたいな4桁*3の形式をしているけれど、実は最後の桁がチェックサムになっていて、伝票をx（4桁）-y（4桁）-z（3桁）-sumという形で書けば、sum＝(x*3-y+z)mod 7である。おしまい。ぬるかった。これにくらべてゲームのセーブデータ達はなんと手ごわいことか。 すべての点は一本以上の入力と一本以上の出力を持つ、という制限を解除したら崩壊してきた。 崩壊を修復したつもり。しかし、いつになったら終わるのやら。途中経過表示ぐらいつけるべきだった。でも、uxサーバーはceleron700MHzの2倍以上速い。 ux101$ ps PID TT STAT TIME COMMAND 9142 std Ss 0:00.25 -bash 4524 p1- R 556:08.68 ./list.o 6 8 独占独占♪と思ったら他に誰かいるではないか。まあ、bashしか使ってなさそうだから気にしないことにしよう、死。それ以前に本当におわるのだろうか、、 日時：2003年3月30日(火) 10:00-12:00 場所：東京大学生産技術研究所　第11議室(Ee-103) pptではったりスライドを作る。 土曜：ひま(BIPと発表準備） 日曜：ひま(BIPと発表準備） 月曜：ひま(BIPと発表準備） 火曜：10時UROP発表/ADSLセットアップ 水曜：11時RNA抽出/RT/realtimePCR（なぜか侵食している） 木曜：RNA抽出/RT 金曜：11時RNA抽出/RT/realtimePCR 土曜：ひまなはず 日曜：ひまだと思う 月曜：時間割をとりにいくかも、おりがしゅくなのかな？ 火曜：ひまかな 水曜：ひまかも 木曜：実験だけ授業開始（嫌がらせとしか思えん、顕微鏡の使い方と細胞分裂だって。おえ〜） 金曜：授業開始/成績表

2004/03/25(木) ... ネットワーク数え上げルーチンにミスを発見。直したらやたら遅くなったが根性で最適化していままでの数倍の時間におさえる（たぶん）。まあ、ux4台と自分のパソコンを並列で動かしているからなんとかなるだろう。しかしuxサーバーはいつ見ても宝の持ち腐れに見える。使ってあげる私に感謝したまえ。 userサーバーが容量パンクする。怠慢でいつもmput *.*していたのが悪かったようだ。 リアルタイムPCRは神経が磨り減る。なんといってもあの小さい穴*50個ぐらいに液体を2ulずつとか18ulとか入れないといけない。しかも場所によって入れるものが違う。うがー。うんざりー。 今日の屁理屈問答： 先生：「みなさん分かりましたか〜？」 生徒：「分かるっていうのがどういうことだか分からないから分かったかどうか分かりません〜」 忍び寄る、新たな学期の足音が

2004/03/24(水) .. 忙しいときに仕事が重なるのは、自然の摂理か、それともたんに先送りする性格のせいか。どっちも自然だ:p 明日も13時厳守。

2004/03/23(火) ... 明日は13時厳守 30日は午前が発表で午後が工事 BIPを突貫でやりはじめる。間に合うかしら。むりかも。条件を勝手にきつくするしかないかな、、 よく考えたら私にはuxサーバーという強力な味方がいるではないか。しかしスペックはあがったけど数が少ないのが問題だ。いろいろサービスが動いてて地味に重そうだし。個々のimacにログインできないかなぁ。 というわけで、uxサーバーで5点8辺と6点8辺のモチーフのリストアップを開始。c++をコンパイルするときはなぜか-lstdc++をつけないとリンクがうまくいかないみたい。 なんかデュアルCPUっぽい。よかったよかった。一人で占有することにならないで。 Processes: 51 total, 3 running, 48 sleeping... 134 threads 22:10:54 Load Avg: 1.09, 0.56, 0.24 CPU usage: 47.2% user, 6.1% sys, 46.7% idle SharedLibs: num = 104, resident = 23.2M code, 2.70M data, 6.37M LinkEdit MemRegions: num = 3696, resident = 33.8M + 7.80M private, 33.7M shared PhysMem: 84.5M wired, 83.1M active, 72.5M inactive, 240M used, 1.77G free VM: 2.90G + 72.1M 16825(0) pageins, 1(0) pageouts PID COMMAND %CPU TIME #TH #PRTS #MREGS RPRVT RSHRD RSIZE VSIZE 6392 top 4.7% 0:11.48 1 17 26 256K 436K 1.73M 27.1M 6390 58.out 100.9% 3:27.60 1 11 74 5.98M 440K 6.67M 41.9M おお、結構速い。

2004/03/22(月) ... 最近は脳のマルチタスク化と共に、しっかりとしたメモリ保護が実装されてきた。このおかげで、あるタスクが別のタスクのメモリをアクセスすることが非常に困難になったようだ。結局何がいいたいかというと、書こうと思ったことがあったのに忘れた、というか脳の状態が切り替わってアクセス不能になったのだ。 日本がつぶれても逃げればいいやと気楽に考えていたが、よく見ると世界中どこに行っても危なそうだ。う〜ん。 リアルタイムPCRが直ったらしい。 uniqlo野菜事業から撤退。うーん。おいしいのになぁ。 「4月5日(月)〜5月1日(土)までの4週間にお届けする「基本コース」の 代金および送料を無料とさせていただきますことをご案内申し上げます。」はまあいいんだけど、、、 MacのHDDをあさっていたらのphysical addressで指定したメモリからlogical address上にコピーするという怪しいルーチンが出てきた。でもどうせsupervisorでしか使えないし、、

2004/03/21(日) .. 申し込み終了。 なんとなく、アセンブラで遊んでみる。やはりx86のアーキテクチャは許せない。解読不能。ごちゃごちゃすぱげってぃー。過去の遺物を引きずっている感があふれあふれしている。PowerPCばんざい。 PowerPCの基幹部のreference http://www-3.ibm.com/chips/techlib/techlib.nsf/techdocs/852569B20050FF778525699600719DF2/$file/6xx_pem.pdf ($がはいっても自動リンクがうまくいかないみたい） Pentium(Pen4かな？) http://www.cs.uiowa.edu/~decker/22C050/resources.htm の下のほうのother resourcesより。 で、ux101で、CPUのsupervisorモードにはいって、遊べないかなって、思って、少し考えて、みたけどやっぱり無理だなって、思って、あきらめ気味。systemのカーネルを書き換えるぐらいしないとダメぽいからまずroot権限の奪取が必要だ。死。良くある戦略として、systemのexceptionハンドラを書き換えて、特定の秘密の条件がそろったときSRR1のフラグをいじくってからrfiするようにするのが、いいんだろうけれど、、、OSXはメモリ保護がちゃんとしてて、address translationの支配下から逃れられないだろうから、ファイルレベルで書き換えるしか方法はないだろうな、、ROMを書き換えるという荒業もあるけど、どちらにしろrootか現実世界での侵入がいる。だめじゃん。 しかしSPRの読み取りですら大部分supervisorが必要だというのは若干納得がいかないのだが。PVRぐらい読ませてくれたっていいじゃん。何のためにプロセッサバージョンを保護する必要があるんだ。 とりあえずOSXなにも分からん。システム関数の呼び出しはどうやるんだろ、、mtctr<-ジャンプ先アドレス bctrじゃだめだろ、どう考えても、、ん〜でもcarbonアプリって同じcalling conventionだよなぁ。。なぞ〜。read-onlyでシステム関数のある領域をmapするのかな？うむ。きっとそうだ。とか調べもせずに言ってみる。まあ、ttsshでこんな大変な調査をするのはやる気がしないだす。 PEFViewerが標準でついてるみたいだね。これは良い。 Pentiumの方はそもそもドキュメントを読む気にもならない、、ドキュメントの構成もPowerPCの方が良いよ。通常opもfpuもsimdもmmxもまとめてアルファベット順に並べるのは勘弁して欲しい、、 jargonばっかし:p

2004/03/20(土) .. 電話局から2800mもあるみたいだけどadslで大丈夫かな？まあ1Mbpsぐらいでればいいや:p。ちゃんと上り回線についての速度詳細も書いて欲しい。 そういえば、電話局が簡単に検索できるし、電話局からの道のりも簡単に検索できるから、電話番号から住所がドーナツの内部に特定されてしまうんだね。こわいこわい。どうでもいいような気もするけど。 http://www.yk.rim.or.jp/~s-endo/ なんか脳みその挙動が不安定〜

2004/03/19(金) ... RNA抽出と逆転写はうまくいっていたようだ。しかし、リアルタイムPCRの機械が壊れているようなので意味なし。来週は免疫組織染色。 AOCのコンピュータは見れば見るほどばかに見える。なんで、コンピュータ3チームallyにしてあげたのに、1チームはfeudal ageでとまっちゃうわけ。しかも、攻撃用船20隻ぐらいを池に浮かべておいたら、どんどん敵が自殺しにくるし。さらにしばらくほうっておいたらなぜかコンピュータチームから人がいなくなってるし。なんてあほなんだろう。 なにか書こうと思ったのだが忘れた。

2004/03/18(木) ... いいかげんこの64kbpsという破滅的に遅いインターネット接続をなんとかしたい。というわけでふらふら宣伝を見て回る。う〜ん。めんどくさいからYahooBBの無線LANパックでいいか〜という気分。とても安易だが特に不満もなさそうだし。 今日はノートパソコンの電源部が思いっきりショートして、異常発熱していた。怖い怖い。 BIP第1問無理そう。爆

2004/03/17(水) ... なんじゃこの天気は〜。

2004/03/16(火) ... 今日はうまくRNAがとれたみたい。謎〜。 一枚10万円が25枚で250万円、それを3セットやるから750万円。へぇ。やっぱり消費税って大きいよね、謎。データ解析はフーリエ展開して分散の小さいのを取り出せばいいのかにゃ。 このごろ暑い。 なにをとちくるったかAOCとかいうゲームをひさびさにやってみる。こんなに簡単だったかなぁ。まあ、コンピュータはバカだから序盤を乗り切れば絶対勝てるんだけれども。

2004/03/15(月) .. 吉祥寺はいつ見ても理解不能な様式で建物が配置されている。 3連休ほとんど何もしなかった。 ここで日本を捨ててほかの国から立候補して金メダルとっちゃったりすると楽しいんだけどね。そんなにうまくいかないか。 http://story.news.yahoo.com/news?tmpl=story&cid=573&ncid=757&e=3&u=/nm/20040315/od_nm/life_dutch_toilet_dc 私利私欲に問題はない。問題はそれに無自覚であることだ。

2004/03/14(日) .. ぼけーぼけーごろにゃーん。ふにゃー。 そうだった。連休だからといってやるべきことが進むと期待してはいけないんだった。まあ第3問のレポートぐらい書き終わりそうだけど、、第1門が鬼門。 ビゴの店の、チェダーチーズのカスクートはいつ食べてもすばらしい。 無難な言葉は意味のない言葉である。

2004/03/13(土) ... とりあえずBIP第3問のレポートを書き上げてしまえと思い、書き始める。しかしアルゴリズムを日常言語で表記するのはきつすぎるんですけど。。。ただでさえこのごろ表現力が崩壊気味なのに。

2004/03/12(金) .. 大腸菌を卒業し、細胞に挑戦。しかし、きれいなRNAを抽出しようと試みるも思いっきり分解してしまいました;_;。RNaseのバカ、;_;。だれかRNaseの特異的阻害剤でも開発してください。 そういえばSOC mediumもコンタミしていたし。私は本質的にあんまりきれい好きじゃないからなぁ。うーん。難しいところだ。 土、日、月、と三連休だ。ひさびさの休み。しかしこの機会にBIPをやらねばならない気がする。

2004/03/11(木) .. 電動ピペッターをたぶん壊しました。ごめんなさい、謎。いや、ごみを吸い取らないように気をつけて液面を見ていたらうえのほうまで注意が向かなくて思いっきり吸い込んじゃったのさ、泣 15mlチューブを18000gで30分遠心したら微妙にヒビが入っていた。こわいこわい。 ちょっとまて。最近は日記に自分のメモしか書いていないのに、なんでいまだに読みに来る人がいるんだ。 googleででろでろと検索したときの順位が下がったみたい、、、 BIPの課題1は終わらない気がしてきた。

2004/03/10(水) .. miniprepをした。よさげ。2と3を採用。 明日はmidiprep、分光、切断、EP、シーケンス。5時までに持ってけるのだろうか、、 その後は4ヶ月ぐらいで抗体ができるらしー。 うが、ssh1はsx系のサーバーでもブロックされたようだ。 あーsodanを使うしかないのか、、 こっちか、、どうりで全然配列が違うと思った、、 http://harvester.embl.de/harvester/O759/O75908.htm http://www.dsi.univ-paris5.fr/genatlas//fiche1.php?n=7657 http://genome-www.stanford.edu/cgi-bin/genecards/carddisp?SOAT2 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=gene&cmd=retrieve&dopt=default&list_uids=8435 http://www.mutdb.org/cgi-bin/GetGene.py?LOCUS=SOAT2

2004/03/09(火) .. コロニーができたらしい。くいっくらいげーしょんきっとは優秀だ。なんといっても5分で終わるし。LigationBufferの微妙なにおいが気になるが。さあ、今日こそコロニーピックだ。 ピックして帰ってきました。かんぺきかんぺき（たぶん） シーケンスの結果も返ってきた。かんぺきかんぺき。でも最初のほうの塩基が微妙にバグっているのは仕様なのかな、、 eccのux系のサーバにはssh2じゃないとつながらないんだけれどもこれはわざとなんだろうか。sx系を経由すればssh1でも入れるからセキュリティー的には意味無いような。あんまりよく知らないけど。psとかがrootで動いているように見えるのは気のせいか？ そういえば昨日は誕生日であった。19ともなるとずいぶん年老いたと感じるものである。 ネットワークモチーフのリストアップがようやくできそうだ。あとはリストアップしたものを全部数え上げてまとめると、、ひえーやる気しない。それからネットワークが連結かどうか調べるルーチンを作らなくては。どうやるんだろ？てきとーに探索させるとまた恐ろしく遅そうだが、8辺までだから大丈夫かも。 なにかをやろうと思い立ったのに、何をやろうと思ったのか忘れてしまうのは悲しい。 予定がきつくなりそうだ。BIPを急がなくては。 １０日； 0) preparation for midi prep (100ml LB x 2)さめた ら抗生剤(Amp) 1) mini prep 6 tubes 2) digestion with KpnI 3) EP 4)大腸菌しんとう １１日 1) midi prep 2) digestion with KpnI (100ng of DNA) 3) EP 4) sequence 1ug (<5ug/ul) in a tube primer *SP6 and T7 １２日 作戦会議 RNA 回収、Reverse transcription, real time PCR 15th:RNA extraction, なんとかえいどう, RT 16th:Realtime PCR, siRNA 17th:extraction RT 18th:Realtime PCR （暫定） 研究者もストライキ http://news.bbc.co.uk/2/hi/europe/3545869.stm http://news.tf1.fr/news/sciences/0,,1889827,00.html

2004/03/08(月) .. うがー失敗。 なんとかキットの類で、プロトコルどおりにやってうまくいかないと悲しい。

2004/03/07(日) .. 今日はコロニーピックをしようと、わざわざ先端研まで行ったのに、かぎがかかっていて部屋に入れなかった、泣 むぅ。

2004/03/06(土) .. とらんすふぉーめーしょん。 あ〜BIPなんてやる暇がないではないか。

2004/03/05(金) .. えいどう切り出し、QIAQuick, ルール (ng of vector) x (kb; size of insert)/( Kb ; size of vector ) x molar ration (insert/ vector)= 必要とするinsertの量(ng) pBAC 0.2ug/ul 100ng x 0.38 (ACAT2 size, kbp) / 3.8 kbp x 2-3/1=20-30ngのinsertが必要。 Vector (100ng)= ul Insert 20 or 40ng= ul Vector ul Insert ul Buffer A Buffer Bx4の量 Buffer B vector+insertの量 16 degree C for o/n このごろは完全に日記がメモ帳と化している。

2004/03/04(木) .. pGEM-T は3kbp Kpn1 http://bio.takara.co.jp/catalog/catalog_d.asp?C_ID=C0086 ■使用上の注意 Star活性が出やすい酵素なので、必要以上の酵素を用いた長時間反応は避けること。 救いとなるかどうか。謎 関係なかったみたい。昨日のはやっぱりコンタミなのかなぁ。

2004/03/03(水) .. つかれるなぁ カットできていたら、 １）定量性マーカーを流してOD meterで測定した値とずれがないか確認。 ２）OKなら、30ugのDNAをO/N digestion. DNA 30ug Buffer L 5ul KpnI 5ul DW Total 50ul 37 degree C for O/N 翌日さらにKpnIをI unit追加して、30min incubation.

2004/03/02(火) .. つかれた

2004/03/01(月) .. なんだこのわけの分からない天気は。 あるかりみにぷれっぷ。 To do １）遠心。 ２）その際に、５０ｍｌconical tubeに40mlいれて、キャップしたあと、遠心中 にチューブが変形して、漏れるので、キャップしたら、周りをビニールテープで シールドしてください。 ３）step 7ではカートリッジをひっかけに、ひっかける。その際、例のボトルを 使うといい。ごみためとして。Step 8もいっしょ。 ４）tipの上にフィルターを重ねて、押す。Step 9。 ５）step12の際には回収には15ml conical tubeを使う。 ６）step 13の際、つまり、propanolを入れたあと、大変なんだけど、1.5ml microtubeにすべて均等に分注する。 ７）15000rpm x 10min at 4 degree C ８）remove the sup. ９）wash with 500ul of 70% EtOH １０） 15000rpm x 10min at 4 degree C １１） dissolve the pellet with 30-50ul of TE. １２） Measure the concentration of DNA. (ア) 用意。１）吸光度計のUV lamp switch on。Step10の時に。２）1.5ml microtubeに98ul のDWを２本分用意。３）1.5ml microtubeに同じDWを500ul位。 ３）100-200ml 位のサイズのビーカーなどに50ml位のRO水。 １３） Digestion the 100ng of DNA with KpnI 1ulで。Total 10ulの 系。Markerは定量性マーカーで。 １４） EP １５） Sequence check and ligtaion to pBac. １６） Plate preparation １０枚くらい。 なんか忙しくなってきたなぁ。uropで基礎実験免除してください:p

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